L'Istituto storico di Modena è un’associazione culturale senza fini di lucro. L’assemblea annuale dei soci elegge un Consiglio Direttivo formato da un massimo di 23 membri, dei quali 3 sono attribuiti di diritto, in misura uguale, alle tre associazioni partigiane (Anpi, Alpi e Fiap) associate all’Istituto, da 2 a 4 sono indicati da altrettanti enti locali della provincia di Modena, mentre due membri al massimo sono indicati da soci collettivi dell’Istituto. Il Consiglio direttivo elegge un Comitato esecutivo composto da 5 a 7 membri, compresi il presidente e il vice-presidente.
L’Istituto vive grazie alle convenzioni stipulate con 37 Comuni modenesi (Bastiglia, Bomporto, Campogalliano, Carpi, Castelfranco, Castelnuovo, Castelvetro, Cavezzo, Concordia, Fanano, Finale Emilia, Fiorano, Formigine, Lama Mocogno, Maranello, Marano, Medolla, Mirandola, Modena, Montefiorino, Montese, Nonantola, Novi, Pavullo nel Frignano, Prignano, Ravarino, San Cesario, San Felice, San Possidonio, San Prospero, Sassuolo, Savignano, Sestola, Soliera, Spilamberto, Vignola, Zocca) e con l’Amministrazione provinciale di Modena, che riconoscono i servizi pubblici offerti dall'Istituto alla cittadinanza e la sua attività didattica e culturale. Esso ha tra i suoi soci collettivi le tre associazioni partigiane, la Camera confederale del lavoro e la Lega provinciale delle cooperative di Modena.
L’Istituto ha un solido rapporto di collaborazione con la Facoltà di lettere e filosofia dell’Università degli studi di Modena e Reggio Emilia e con il Dipartimento di discipline storiche dell’Università degli studi di Bologna, ed ha attivato convenzioni per lo svolgimento di attività di tirocinio con queste realtà e con la Facoltà di scienze della formazione dell’Università di Bologna.
Ha infine relazioni consolidate con alcune associazioni culturali modenesi – in particolare con il Fotomuseo G. Panini, il Centro F. L. Ferrari e il Centro documentazione donna (questi ultimi due partner del progetto Archivi@) – nonché con altre numerose realtà culturali locali.